8月下半月circRNA研究报道汇总

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献25篇，下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。

1、环形RNA在人类造血细胞中细胞特异性地广泛表达

论文标题：Circular RNA expression in human hematopoietic cells is widespread and cell-type specific

杂志：Nucleic Acids Res
影响因子：11.561

通讯作者单位：阿姆斯特丹大学

人骨髓具有强大的血细胞生成能力，根据统计，在稳态下，骨髓每小时可生成10的10次方个红细胞和10的9次方个白细胞，通常状况下，正常个体血细胞数量维持在一个固定范围，但个体在应急状态下通过骨髓强大的造血能力可获得大量的血细胞。血细胞生成过程中，受严格的基因调控，circRNA是否在该过程发挥重要作用呢？阿姆斯特丹大学的研究者利用在线数据库的相关数据，对人原代造血细胞的转录组测序数据进行了深入的分析，发现circRNA在人造血祖细胞和其分化后的淋系与髓系细胞中，具有广泛表达和细胞类型特异性的表达模式和特性，circRNA表达水平随着血细胞成熟过程不断上调，不同circRNA剪接异构体具有明显的细胞类型特异性，血小板和红细胞中存在circRNA且含量最高，上述分析结果其实很好地提示了circRNA在造血细胞分化过程中可能扮演重要作用，为后续的circRNA在人造血细胞分化成熟过程中的功能机制研究提供了很好的线索。该文详细解读请参考本公众号历史文章：CircRNA广泛表达在人造血细胞中，并具有细胞类型特异性

图注：研究者利用CE和DCC两种工具分析造血细胞RNA-seq数据共同鉴定出4103个circRNA分子，并进行了RT-PCR验证，其中13个新发现的circRNA耐受RNAse R酶的消化。

2、环状DNA病毒基因可生成环形RNA

论文标题：Circular DNA tumor viruses make circular RNAs

杂志：PNAS
影响因子：9.504

通讯作者单位：匹兹堡大学

该研究首次报道在EBV和KSHV两种DNA病毒基因组中可转录产生病毒来源的circRNA分子，EBV病毒中主要发现了BART基因区产生的外显子组成circRNA和同时携带外显子和内含子序列的circRNA，分别定位在细胞质和细胞核中。KSHV病毒的IRF4和PAN基因均可产生circRNA，进一步分析发现，这些circRNA可能具备翻译蛋白的能力。病毒基因组可产生circRNA为circRNA的研究又打开了一扇大门，还有很多研究方向和机会值得大家去探索挖掘，比如我们在“环状DNA病毒基因可生成环状RNA”这篇文章的解读中提到的：

Ø 这些病毒基因组来源的circRNA是通过什么机制形成的？反向互补序列还是RNA结合蛋白介导？内含子被保留的原因和机制是什么？

Ø 这些circRNA的功能和作用机制是怎样的？是否与来源的基因（host gene）的功能更有一定关系？与病毒的潜伏状态或疾病的进程有什么关系？这些病毒来源的circRNA对肿瘤的作用是怎样的？在未感染相关病毒的细胞中过表达这些circRNA分子会有什么效应？……

Ø 病毒基因来源的circRNA是否具有普遍性？其他类型病毒是否也有类似的产生circRNA的现象？其它物种中是否也存在类似的现象？这些circRNA是否是进化选择的结果？

图注：EBV病毒基因BART来源的circRNA分子结构意图

3、微阵列芯片分析hsa_circ_0064428可作为肝细胞癌潜在的免疫相关预后生物

论文标题：Global microarray profiling identified hsa_circ_0064428 as a potential

杂志：J Med Genet
影响因子：5.751

通讯作者单位：温州医科大学附属第五医院

肿瘤微环境和免疫状态跟肿瘤转移侵袭密切相关，肿瘤浸润淋巴细胞(TILs）作为存在于肿瘤细胞周围的一种淋巴细胞类型，是肿瘤免疫反应的关键指标，大量研究表明CD4 +和CD8 + TIL细胞比例上调可提高肝癌切除后的OS和延迟复发时间，改善肝癌临床预后。该研究利用circRNA芯片技术考察了肝癌患者高/低比例TILs样本中circRNA表达谱的变化情况，发现hsa_circ_0064428的高表达水平与肝癌患者的TILs低比例、患者的低存活率、肿瘤体积大和发生转移成相关，即hsa_circ_0064428高表达HCC患者临床预后不良。从肿瘤免疫反应角度解读circRNA在肝癌预后中的作用，是本文的研究亮点，研究思路也清晰明了。

图注：Kaplan-Meier生存曲线分析表明hsa_circ_0064428可作为HCC独立的预后生物标志物

4、基于腺相关病毒载体实现体内circRNA表达和翻译蛋白

论文标题： Tissue-dependent expression and translation of circular RNAs with recombinant AAV vectors in vivo

杂志：Molecular Therapy: Nucleic Acid
影响因子：5.66

通讯作者单位：北卡罗来纳大学

目前circRNA相关的过表达和敲低研究时，大部分采用慢病毒进行包装。慢病毒载体可插入基因组，形成稳定表达，表达周期长，且稳定遗传，比较适合用于肿瘤细胞的稳转株建立。但慢病毒感染宿主细胞时随机插入整合到基因组可能带来对脆弱细胞的损伤，影响部分细胞增殖能力，插入外源片段对病毒滴度也有影响。腺相关病毒在基因插入和滴度方面却有自己的优势，因此，该研究开发了一种基于腺相关病毒载体（rAAV）的体内表达circRNA并实现翻译蛋白的载体工具，为circRNA的研究又提供了新的武器，具体技术细节可参考本公众号历史文章：基于腺相关病毒载体实现体内circRNA表达和翻译蛋白。

图注：circRNA的AAV腺相关病毒载体构建示意图

文献列表：