2023年7月22-28日浙江大学第62期“基因组科学”研习班

一、培训班上课内容、

上课内容涵盖“基因组学—蛋白质组学—系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。

核心课程包括：

1. 基因组的比较研究    （于军 教授）

2. 大规模测序方法及应用、微生物基因组学、基因组学与精准医学（胡松年教授）

3. 系统生物学导论及高通量分析技术应用（杨军 教授）

4. 系统生物学建模分析（陈铭 教授）

5. 比较基因组学应用（徐建红 教授）

6.  动植物基因组进化 （张亮生 教授）

7.遗传学在疑难未诊断疾病中的应用（俞晓敏 研究员）

8.  基因组学在医学中的应用（周青  教授）

二、培训班上机内容

本研习班上机实习课采用 “跟我学”方式，学习实践各类基础生物信息学软件，每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组、蛋白质组学数据分析的基本方法。

主要内容如下：

实习一：基因组数据注释和功能分析

通过序列比对工具BLAST的学习，了解基因功能注释的原理；介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4，掌握系统发生树绘制的基本方法，认识基因复制在进化上的功能；学习基因序列分析常用的数据库和软件。

实习二：转录组数据分析

介绍转录组数据分析的基本流程及其原理；通过对tophat、cufflinks、R等转录组数据分析工具的介绍及演示，了解基于二代测序数据的转录组分析流程及常用分析方法；利用kegg、GOstat、DAVID等在线工具挖掘转录组数据的生物学意义。

实习三：蛋白质结构与功能分析

从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始，接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析，预测目标蛋白的生物功能。

实习四：蛋白质组学数据分析

使用X！Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据，将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白；使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。

实习五：系统生物学软件实习—–网络结构显示与分析

利用Cytoscape系统生物学分析软件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子网络系统，并与基因表达等数据整合。