6月开班|计算机辅助药物设计与分子动力学模拟应用实践班2023年6月27-30日
1、通过四天系统性学习,掌握CADD在理性药物设计中的应用。
2、通过数十个主题的学习,带您逐步掌握计算辅助药物设计主要的研究方法:蛋白、核酸和小分子结构的获取、化合物的ADMET性质预测、蛋白结构分析、蛋白结构预测、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等)、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突变对蛋白结构和功能的影响、分子动力学模拟软件Amber和Gromacs的使用与分子动力学模拟结果分析。
课程通过理论结合实例讲解并自主练习,达到即学即用效果,帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术,助力学术研究。
主办单位:北京市计算中心有限公司
日期 | 主题 | 内容 | 备注 |
第一天 | CADD理论与分子动力学模拟概述 | 1. 计算机辅助药物设计的概念以及方法概述
2. 计算机辅助药物设计经典论文讲解 3. 生物分子相互作用研究方法概述 4. 计算生物学概述 5. 分子动力学简介 5.1 分子力场的介绍 5.2 分子力场的原理 5.3 分子力场的分类及应用 6. 挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等杂志论文,进行论文思路阐述 |
理论 |
药物设计中的量子力学概述 | 1. 量子力学简介
2. 量子力学与化学键的本质 3. 化学键的模拟方法及常用软件 |
理论 | |
分子结构数据库介绍 | 1. PDB:蛋白结构数据库介绍
1.1 PDB蛋白质数据库的介绍 1.2 PDB蛋白质数据可获取的资源 1.3 蛋白的结构类型、数据解读及下载 2. PDB文件:蛋白质结构文件详解 2.1 蛋白质结构文件可视化 2.2 蛋白质结构文件原子坐标解读 3. Pubchem:化学小分子结构获取 3.1 Pubchem数据库简介 3.2 Pubchem数据库小分子结构查询 3.3 Pubchem数据库批量下载方法介绍 4. ZINC:虚拟筛选小分子数据库介绍与应用 4.1 ZINC数据库介绍 4.2 ZINC数据库小分子批量下载方法介绍 5. NDB:核酸结构数据库介绍 6. 核酸二级结构和三级结构预测 7. 候选化合物ADMET性质预测 |
理论+
实践 |
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第二天 | 虚拟筛选演示与实战 | 1. Linux基础
1.1 Linux服务器连接 1.2 数据传输 1.3 Linux常用命令 2. 基于高性能计算集群的药物虚拟筛选 3. 高性能计算虚拟筛选操作演示 4. 虚拟筛选结果分析 |
理论+
操作 |
蛋白质和小分子对接实战 | 1. Autodock软件原理及功能介绍
1.1 小分子配体结构处理 1.2 蛋白受体结构优化和处理 1.3 蛋白受体格点计算 2. Autodock vina软件原理及功能介绍 3. 分子对接和对接结果分析 3.1 半柔性对接计算 3.2 柔性对接计算 3.3 对接结果分析 3.4 最优对接构象的选择 4. 实例讲解与练习:鼠源RhoA—GTPγS与Forsythialan A分子对接 |
理论+
操作 |
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生物大分子对接实战 | 1. 大分子对接原理及应用介绍
2. z-dock软件介绍与使用 3. 其他生物大分子对接在线工具的介绍与使用 4. 蛋白-蛋白对接结果分析与解读 5. 实例讲解与练习:Apod与CD36蛋白-蛋白对接 |
理论+
操作 |
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第三天 | 分子结构可视化软件SCI绘图实战 | 1. PyMOL分子结构可视化软件介绍
2. PyMOL软件高质量论文绘图实操 2.1 蛋白-多肽相互作用分析图解 2.2 蛋白-小分子相互作用分析图解 2.3 蛋白-蛋白相互作用分析图解 3. PyMOL动画制作 |
理论+
操作 |
蛋白质结构预测原理及软件实战 | 1. 同源建模原理介绍
2. Swiss-model:在线同源建模 2.1 同源蛋白的搜索 2.2 蛋白序列比对 2.3 蛋白模板选择 2.4 蛋白模型构建 2.5 蛋白模型评价 2.6 蛋白模型优化 3. Modeller:同源建模软件操作演练 4. I-TASSER:蛋白质结构预测 5. Rosetta:蛋白质结构预测 6. AlphaFold Protein Structure Database介绍 |
理论+
操作 |
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蛋白氨基酸突变对蛋白的影响 | 1. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可视化
2. 氨基酸突变对蛋白质结构的影响分析 |
理论+
操作 |
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第四天 | 分子动力学模拟原理及软件实战 | 1. 模拟体系的构建方法介绍
2. Amber:结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练 3. Gromacs:结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练 4. 分子动力学计算与结果分析 4.1 结合自由能的计算分析 4.2 轨迹文件常见分析:RMSD、RMSF、回旋半径等 4.3 二级结构计算 |
理论+
操作 |
生物分子结构可视化软件介绍与使用 | 1. VMD:结构可视化软件操作演练
2. VMD查看分子动力学模拟结果 3. VMD作图实例讲解与练习 |
理论+
操作 |
注:内容以实际发生为准;若调,会提前通知。
部分案列图示:
报班福利:
1、报名缴费后提供课前预习资料包;
2、进入预习群,由上课老师亲自解答预习期间遇到的问题。
1、动力学模拟文件夹
2、分子对接文件夹
3、分子动力学模拟技术文档
4、分子对接技术文档
【报名费用】
注册费:5600元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。
【报名优惠政策】
1、3人以上团体报名每人可减少300元;
2、4+1团报,可免费赠送一个名额;
3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
【扫码报名】
【咨询请联系】
李老师 vicolee2021(微信)
【注】开始前一周会发送邮件通知;若未接到邮件通知,请电话咨询。
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