6月开班|计算机辅助药物设计与分子动力学模拟应用实践班2023年6月27-30日-肽度TIMEDOO
从20世纪90年代开始,药物设计进入新的阶段,即理性药物设计。计算机辅助药物设计(CADD)是基于各种分子模拟技术以及数理统计的方法,通过准确快速的计算蛋白质或者核酸受体的结构、小分子配体的构象、酶和抑制剂相互作用构象等,可以提高药物设计的准确性和命中率,降低研发成本,缩短研发周期。在新冠肺炎疫情抗击战中,计算机辅助药物设计也为抗病毒药物的研发贡献了关键的力量。
课程总目标:

1、通过四天系统性学习,掌握CADD在理性药物设计中的应用。

2、通过数十个主题的学习,带您逐步掌握计算辅助药物设计主要的研究方法:蛋白、核酸和小分子结构的获取、化合物的ADMET性质预测、蛋白结构分析、蛋白结构预测、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等)、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突变对蛋白结构和功能的影响、分子动力学模拟软件Amber和Gromacs的使用与分子动力学模拟结果分析。

课程通过理论结合实例讲解并自主练习,达到即学即用效果,帮助学员系统性掌握计算机辅助药物设计技术,助力学术研究。

主办单位:北京市计算中心有限公司

举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
课程安排:2023年6月27-30日(周二-周五)  上9:30-11:30  下13:30-17:00
日期 主题 内容 备注
第一天 CADD理论与分子动力学模拟概述 1. 计算机辅助药物设计的概念以及方法概述

2. 计算机辅助药物设计经典论文讲解

3. 生物分子相互作用研究方法概述

4. 计算生物学概述

5. 分子动力学简介

5.1 分子力场的介绍

5.2 分子力场的原理

5.3 分子力场的分类及应用

6. 挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等杂志论文,进行论文思路阐述

理论
药物设计中的量子力学概述 1. 量子力学简介

2. 量子力学与化学键的本质

3. 化学键的模拟方法及常用软件

理论
分子结构数据库介绍 1. PDB:蛋白结构数据库介绍

1.1 PDB蛋白质数据库的介绍

1.2 PDB蛋白质数据可获取的资源

1.3 蛋白的结构类型、数据解读及下载

2. PDB文件:蛋白质结构文件详解

2.1 蛋白质结构文件可视化

2.2 蛋白质结构文件原子坐标解读

3. Pubchem:化学小分子结构获取

3.1 Pubchem数据库简介

3.2 Pubchem数据库小分子结构查询

3.3 Pubchem数据库批量下载方法介绍

4. ZINC:虚拟筛选小分子数据库介绍与应用

4.1 ZINC数据库介绍

4.2 ZINC数据库小分子批量下载方法介绍

5. NDB:核酸结构数据库介绍

6. 核酸二级结构和三级结构预测

7. 候选化合物ADMET性质预测

理论+

实践

第二天 虚拟筛选演示与实战 1. Linux基础

1.1 Linux服务器连接

1.2 数据传输

1.3 Linux常用命令

2. 基于高性能计算集群的药物虚拟筛选

3. 高性能计算虚拟筛选操作演示

4. 虚拟筛选结果分析

理论+

操作

蛋白质和小分子对接实战 1. Autodock软件原理及功能介绍

1.1 小分子配体结构处理

1.2 蛋白受体结构优化和处理

1.3 蛋白受体格点计算

2. Autodock vina软件原理及功能介绍

3. 分子对接和对接结果分析

3.1 半柔性对接计算

3.2 柔性对接计算

3.3 对接结果分析

3.4 最优对接构象的选择

4. 实例讲解与练习:鼠源RhoA—GTPγS与Forsythialan A分子对接

理论+

操作

生物大分子对接实战 1. 大分子对接原理及应用介绍

2. z-dock软件介绍与使用

3. 其他生物大分子对接在线工具的介绍与使用

4. 蛋白-蛋白对接结果分析与解读

5. 实例讲解与练习:Apod与CD36蛋白-蛋白对接

理论+

操作

第三天 分子结构可视化软件SCI绘图实战 1. PyMOL分子结构可视化软件介绍

2. PyMOL软件高质量论文绘图实操

2.1 蛋白-多肽相互作用分析图解

2.2 蛋白-小分子相互作用分析图解

2.3 蛋白-蛋白相互作用分析图解

3. PyMOL动画制作

理论+

操作

蛋白质结构预测原理及软件实战 1. 同源建模原理介绍

2. Swiss-model:在线同源建模

2.1 同源蛋白的搜索

2.2 蛋白序列比对

2.3 蛋白模板选择

2.4 蛋白模型构建

2.5 蛋白模型评价

2.6 蛋白模型优化

3. Modeller:同源建模软件操作演练

4. I-TASSER:蛋白质结构预测

5. Rosetta:蛋白质结构预测

6. AlphaFold Protein Structure Database介绍

理论+

操作

蛋白氨基酸突变对蛋白的影响 1. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可视化

2. 氨基酸突变对蛋白质结构的影响分析

理论+

操作

第四天 分子动力学模拟原理及软件实战 1. 模拟体系的构建方法介绍

2. Amber:结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练

3. Gromacs:结合实例讲解分子动力学模拟软件操作演练

4. 分子动力学计算与结果分析

4.1 结合自由能的计算分析

4.2 轨迹文件常见分析:RMSD、RMSF、回旋半径等

4.3 二级结构计算

理论+

操作

生物分子结构可视化软件介绍与使用 1. VMD:结构可视化软件操作演练

2. VMD查看分子动力学模拟结果

3. VMD作图实例讲解与练习

理论+

操作

注:内容以实际发生为准;若调,会提前通知。

部分案列图示:

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报班福利:

1、报名缴费后提供课前预习资料包;

2、进入预习群,由上课老师亲自解答预习期间遇到的问题。

预习资料包

1、动力学模拟文件夹

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2、分子对接文件夹

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3、分子动力学模拟技术文档

4、分子对接技术文档

报名费用

注册费:5600元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。

提供当期视频回放以供复习使用(羽林学院平台)。
开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。

报名优惠政策

1、3人以上团体报名每人可减少300元;

2、4+1团报,可免费赠送一个名额;

3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

扫码报名

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咨询请联系

李老师 vicolee2021(微信)

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