2023.7.6-7|分子动力学模拟研讨班——Amber软件-肽度TIMEDOO
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。分子动力学可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性、蛋白折叠的机制问题（控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠）等。
本研讨班旨在研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现。
本次研讨班分为2个阶段

1.分子动力学模拟的研究思路

以实际案例和高分论文为例，讲解分子动力学模拟研究思路

2.掌握分子动力学模拟流程

以实际结构为例，详细介绍分子动力学的原理、软件过程及后续结果分析。

主办单位：北京市计算中心有限公司

协办单位：

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
工业和信息化人才培养工程培训基地
北京市大数据教学实践基地

举 办 地：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼

课程安排：2023年7月6-7日（周四-周五） 上9:30-11:30 下13:30-17:00

日期 主题 内容 备注
第一天 分子动力学模拟简介 1. 分子模拟的发展历史

2. 分子模拟的优势和局限

3. 分子动力学基本原理

 理论+

操作
Linux基础 1. Linux服务器连接

2. 数据传输

3. Linux常用命令
动力学模拟预备知识 1. Amber软件介绍

2. Amber力场介绍

3. 拓扑文件、坐标文件介绍

4. 模拟条件介绍

1) 系综（ensemble）选择

2) 约束条件设置

3) 参数配置
研究模型预处理 1. 模型文件的预处理

2. 结构文件来源介绍

3. tleap模块的介绍和使用

1) 蛋白预处理

2) 小分子预处理

3) 溶剂化模型的构建方法

4) 生成amber识别的prmtop和inpcrd输入文件
第二天 分子动力学模拟流程 1. 动力学模拟参数文件的介绍

2. 能量优化

3. 升温

4. 平衡

5. 动力学成品模拟

 理论+

操作
分子动力模拟结果分析 1. Amber轨迹文件处理

1) 轨迹合并

2) 采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合

2. 结合自由能计算

3. Amber轨迹分析

1) RMSD分析

2) RMSF分析

3) B因子分析

4) 氢键分析

5) 回转半径分析

 理论+

操作
生物分子结构可视化软件介绍与使用 1. VMD：结构可视化软件操作演练

2. VMD查看分子动力学模拟结果

3. VMD作图实例讲解与练习

 理论+

操作
注：内容以实际发生为准；若调，会提前通知。
示例：

动力学模拟流程介绍：

2023.7.6-7|分子动力学模拟研讨班——Amber软件-肽度TIMEDOO

模拟体系结果展示：

2023.7.6-7|分子动力学模拟研讨班——Amber软件-肽度TIMEDOO
【报名费用】

注册费：2800元/人（含当期听课费、资料费、证书费、考试费（如有））。

提供当期视频回放以供复习使用（羽林学院平台）。

开具增值税发票，提供盖章通知、结业证书等相关材料。

【报名优惠政策】

1、3人以上团体报名每人可减少300元；

2、4+1团报，可免费赠送一个名额；

3、上面优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种；

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

【扫码报名】

 2023.7.6-7|分子动力学模拟研讨班——Amber软件-肽度TIMEDOO

【咨询请联系】

李老师：vicolee2021（微信）

【注】开课前一周会发送邮件通知；若未接到邮件通知，请电话咨询。