欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，9月上旬从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献29篇，下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。

1、综述：circRNA在心血管系统中的分子功能和特定作用

论文标题：Molecular functions and specific roles of circRNAs in the cardiovascular system

杂志：Noncoding RNA Res
影响因子：NA

通讯作者单位：慕尼黑大学检验医学研究所

该综述文章主要系统性总结了目前心血管疾病相关的circRNA研究进展，总结详细全面，对circRNA在心血管方面的研究提供了很好的参考，下面我们一起来浏览下文中的主要图表。

 

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

图注：依赖剪接体spliceosome介导的circRNA形成的三类circRNA，EliciRNA，circRNA和ciRNA。CircRNA序列组成只包含外显子，EliciRNA序列组成既有外显子又有内含子，ciRNA序列组成只有内含子序列。

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图A:ElciRNAs和ciRNAs可与宿主基因基因座结合促进RNAP II转录pre-mRNA；B：circRNA可结合宿主基因的DNA序列上形成R-loop结构影响染色体的稳定性，进而调控基因转录；

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

 

C图：共线剪接（上图）和共转录后反向剪接（下图）之间竞争的模型：竞争这是由于不同的内含反向重复配对序列（灰色部分）之间配对形成的折叠结构。在双链RNA内通过ADAR酶选择性地将腺苷脱氨作为肌苷回折区域中的斑块可以促进线性mRNA形成（顶部）。像Quaking或Muscleblind（橙色）这样的RNA结合蛋白结合并同源二聚化，从而可以促进通过支持内含子的反折叠来形成环状RNA（底部），两种机制间的竞争直接影响到circRNA和mRNA在细胞内的含量。

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

 

D图：circRNA经典的miRNA sponging模型，circRNA上螯合结合miRNA的AGO2复合体，减少细胞中miRNA的活性，间接增加对应mRNA的丰度，影响细胞功能；E图：circRNA直接与功能蛋白结合调控细胞功能，circANRIL结合PeBoW复合物的PES1蛋白，进而阻断核糖体rRNA成熟，抑制翻译功能。circPABPN对HuR蛋白的螯合，降低了PABPN mRNA稳定性，最终PABPN1蛋白含量降低。

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图F：circRNA直接翻译蛋白，circRNA序列中包含开放阅读框（ORF）和核糖体进入位点（IRES）理论上就能翻译成蛋白。

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

图：目前已报道的心血管疾病相关主要circRNA分子总结，左侧描绘了已知心血管疾病相关的细胞类型。（A）相关circRNA名称和功能简介，（B）circRNA互作的相关蛋白及细胞功能。

 

2、综述：环状RNA在肝细胞癌中作为一种新的潜在生物标志物和治疗靶点的应用前景

论文标题：Prospect of Circular RNA in Hepatocellular Carcinoma: A Novel Potential Biomarker and Therapeutic Target

杂志：Front Oncol 影响因子：4.416

通讯作者单位：桂林医科大学附属医院肝胆胰外科

肝癌是世界范围内恶性肿瘤高死亡率的癌症之一，2015年统计854，000起肝癌患者中，死亡人数达810，000人。其中90%是常见的原发性肝癌的肝细胞癌（HCC）。酒精，烟草，黄曲霉毒素都是导致肝细胞癌发生的重要危险因素临床上，早期HCC，通过手术切除和肝移植是常见而有效的治疗方法，但预后往往不甚理想，更糟糕的是，往往大部分HCC在确诊时已是肝癌晚期，失去最佳治疗时机。因此，阐明HCC分子机制，为开发新的HCC诊断标志物和治疗靶标至关重要。随着高通量测序技术的发展，愈来愈多的研究证据表明circRNA在癌症发生发展过程起着重要作用。该综述论文系统系总结回顾了circRNA在肝癌HCC中的研究进展，值得参考。

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

图注：目前报道的与HCC相关的主要circRNA信息汇总表。

 

3、CIRCpedia v2数据库更新升级

论文标题：CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison

杂志：GPBs 影响因子：6.615

通讯作者单位：中科院上海生科院

中科院上海生科院计算生物所杨力教授团队近期对CIRCpedia数据库进行了重要更新该数据库通过整合六个物种circRNA数据，发布了升级版的circRNA数据库CIRCpediav2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）。

相比于第一版CIRCpedia数据库，此次升级主要更新了如下内容

1. 整合来自GEO、ENCODE和 EMBL-EBI 数据库的涵盖六个物种（包含人、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇和线虫）的185个RNA-seq数据集，经CIRCexplorer2软件分析鉴定circRNA；

2. CIRCpedia v2数据库对circRNAs进行了综合全面性的信息注释，同时在不同物种、组织和细胞中分析了一个基因的多种反向剪接事件；

3. 对于single-read 和paired-end测序数据集，都可以利用FPM值定量circRNA的表达情况；

4. 通过LiftOver分析人和小鼠circRNAs序列保守性；

5. CIRCpedia v2利用新版JBrowse可视化观察circRNAs在基因组的位置，另外新增“Tool”功能可直接对不同circRNAs在不同组织和细胞中表达差异进行分析。

4、TRCirc：一个circRNA转录调控信息预测数据库

论文标题：TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs

杂志：Brief Bioinform 影响因子：6.302

通讯作者单位：哈尔滨医科大学

 

近年来，高通量基因组技术如染色质免疫沉淀测序（ChIp-seq）和转录组测序（RNA-seq）已经变得更加精细和更便宜。前期circRNA研究积累了大部分circRNA表达谱相关数据，然而，circRNA转录的调控机制仍不清楚。因此，迫切需要构建详细描述circRNA转录调节的数据库。TRCirc提供了检索，浏览和可视化circRNA转录调控信息的资源。当前版本的TRCirc记录来自超过100种细胞类型的92 375个circRNA和161个转录因子（TF），并且一起标示超过765,000个TF-circRNA调节关系。此外，TRCirc提供有关circRNA转录的其他调控信息，包括其表达，甲基化水平，调节区中的H3K27ac信号和与circRNA相关的超级增强子。TRCirc提供方便，用户友好的界面，可搜索，浏览和可视化有关这些circRNA的详细信息。TRCirc网址如下：http://www.licpathway.net/TRCirc

 

9月上半月circRNA研究报道汇总-肽度TIMEDOO

图：TRCirc数据库功能示意图

 

文献列表：

 

序号 主要内容 论文标题 杂志

IF

 单位
1 综述：RNA作为前列腺癌的候选诊断和预后标志物 - 从细胞系模型到液体活组织筛查 RNAs as Candidate Diagnostic and Prognostic Markers of Prostate Cancer-From Cell Line Models to Liquid Biopsies Kidney Int Rep

NA

 苏黎世大学医院肾内科
2 circRNA，ciRs-126预测重症急性肾损伤患者的存活率。 The Circular RNA ciRs-126 Predicts Survival in Critically Ill Patients With Acute Kidney Injury Kidney Int Rep

NA

 苏黎世大学医院肾内科
3 circRNA在心血管系统中的分子功能和特定作用。 Molecular functions and specific roles of circRNAs in the cardiovascular system. Noncoding RNA Res

NA

 慕尼黑大学检验医学研究所
29 CIRCpedia v2数据库更新升级 CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison Genomics Proteomics Bioinformatics

6.615

 中科院上海生科院
4 TRCirc：一个circRNA转录调控信息相关的数据库 TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs Brief Bioinform

6.302

 哈尔滨医科大学附属第二医院
5 CircRNA-ACAP2 / Hsa-miR-21-5p / Tiam1调节反馈回路影响结肠癌SW480细胞的增殖，迁移和侵袭。 The CircRNA-ACAP2/Hsa-miR-21-5p/ Tiam1 Regulatory Feedback Circuit Affects the Proliferation, Migration, and Invasion of Colon Cancer SW480 Cells. Cell Physiol Biochem.

5.5

 广州市番禺区中心医院
6 人类基因组中的circRNA和线性RNA模糊剪接位点的区分 Ambiguous splice sites distinguish circRNA and linear splicing in the human genome  

5.481

 斯坦福大学生物化学系
7 综合分析circRNA表达模式和circRNA-miRNA-mRNA网络在兔动脉粥样硬化的发病机制中的作用。 Comprehensive analysis of circRNA expression pattern and circRNA-miRNA-mRNA network in the pathogenesis of atherosclerosis in rabbits. Aging (Albany NY)

5.179

 哈尔滨医科大学附属第二医院
8 通过RNA测序筛选与骨肉瘤的化学治疗抗性相关的环状RNA Screening circular RNA related to chemotherapeutic resistance in osteosarcoma by RNA sequencing Epigenomics

4.979

 上海市第十人民医院
9 环状RNA hsa_circ_0072995通过海绵样吸附miR-30c-2-3p促进乳腺癌细胞迁移和入侵 Circular RNA hsa_circ_0072995 promotes breast cancer cell migration and invasion through sponge for miR-30c-2-3p Epigenomics

4.979

 东南大学医学院
10 环状RNA CDR1通过miR-7 / GDF5 / SMAD和p38MAPK信号传导途径调节牙周韧带干细胞的成骨细胞分化 Circular RNA CDR1as regulates osteoblastic differentiation of periodontal ligament stem cells via the miR-7/GDF5/SMAD and p38 MAPK signaling pathway. Stem Cell Res Ther

4.963

 北京大学口腔医院
11 CDR1as在喉鳞状细胞癌中过表达并通过miR-7促进肿瘤的进展 CDR1as is overexpressed in laryngeal squamous cell carcinoma to promote the tumour's progression via miR-7 signals Cell Prolif

4.936

 郑州大学第一附属医院
12 综述：环状RNA在肝细胞癌中作为一种新的潜在生物标志物和治疗靶点的应用前景 Prospect of Circular RNA in Hepatocellular Carcinoma: A Novel Potential Biomarker and Therapeutic Target. Front Oncol

4.416

 桂林医科大学附属医院肝胆胰外科
13 Circ008913，通过miR-889调节DAB2IP / ZEB1，参与亚砷酸盐诱导的人类角质形成细胞在癌发生过程中获得CSC样特性。 Circ008913, via miR-889 regulation of DAB2IP/ZEB1, is involved in the arsenite-induced acquisition of CSC-like properties by human keratinocytes in carcinogenesis Metallomics

4.069

 南京医科大学
14 血浆环状RNAs hsa_circ_0001953和hsa_circ_0009024作为活动性结核病的诊断生物标志物。 Plasma Circular RNAs hsa_circ_0001953 and hsa_circ_0009024 as Diagnostic Biomarkers for Active Tuberculosis. Front Microbiol

4.019

 南昌大学第一附属医院检验科
15 新型环状RNA hsa_circ_0020123通过抑制非小细胞肺癌中的miR-144发挥致癌特性。 A novel circular RNA hsa_circ_0020123 exerts oncogenic properties through suppression of miR-144 in non-small cell lung cancer. Am J Cancer Res

3.998

 吉林大学附属第二医院
16 Zfp609环状RNA通过海绵样吸附miR-194-5p调节成肌细胞分化 A Zfp609 circular RNA regulates myoblast differentiation by sponging miR-194-5p. Int J Biol Macromol

3.909

 江苏师范大学
17 综合分析结肠炎诱导结肠癌小鼠模型中环状RNA的差异表达情况 Comprehensive analysis of differential circular RNA expression in a mouse model of colitis-induced colon carcinoma Mol Carcinog.

3.851

 中山大学附属第一医院
18 circRNA高通量测序分析大豆细胞质雄性不育系NJCMS1A与其保持系NJCMS1B Comparative analysis of circular RNAs between soybean cytoplasmic male-sterile line NJCMS1A and its maintainer NJCMS1B by high-throughput sequencing. BMC Genomics.

3.73

 南京农业大学
19 乙二醇诱导的肾结石大鼠中lncRNA，mRNA和环状RNA的表达谱研究 Changing expression profiles of long non-coding RNAs, mRNAs and circular RNAs in ethylene glycol-induced kidney calculi rats. BMC Genomics.

3.73

 中南大学
20 鉴定外周血中的环状RNA hsa_circ_0044235作为类风湿性关节炎的新型生物标志物。 Identification of circular RNAs hsa_circ_0044235 in peripheral blood as novel biomarkers for Rheumatoid Arthritis. Clin Exp Immunol

3.542

 南昌大学第一附属医院检验科
21 靶向miR-370-3p的circRNA_NEK6通过Wnt信号通路促进甲状腺癌增殖和侵袭 Emerging roles of circRNA_NEK6 targeting miR-370-3p in the proliferation and invasion of thyroid cancer via Wnt signaling pathway. Cancer Biol Ther

3.373

 昆明医科大学
22 环状RNA ciRS-7通过miR-7 / KLF4和NF-κB信号通路促进食管鳞状细胞癌的迁移和侵袭 Circular RNA ciRS-7 triggers the migration and invasion of esophageal squamous cell carcinoma via miR-7/KLF4 and NF-κB signals. Cancer Biol Ther

3.373

 第二军医大学长海医院
23 CircRNA hsa_circ_100395调节miR-1228 / TCF21通路以抑制肺癌进展 CircRNA hsa_circ_100395 regulates miR-1228/TCF21 pathway to inhibit lung cancer progression Cell Cycle

3.304

 解放军总医院
24 利用血浆circRNA_002453作为狼毒性肾炎诊断的新型生物标志物。 Using plasma circRNA_002453 as a novel biomarker in the diagnosis of lupus nephritis Mol Immunol

3.188

 南方医科大学南方医院
25 Tandem DNAzyme：用于circRNA抑制的新工具 Tandem DNAzyme for double digestion: a new tool for circRNA suppression Biol Chem.

3.022

 中南大学湘雅药学院
26 CircRNA circ-ITCH通过miR-22-3p / CBL /β-连环蛋白途径抑制乳头状甲状腺癌的进展。 CircRNA circ-ITCH suppresses papillary thyroid cancer progression through miR-22-3p/CBL/β-catenin pathway Biochem Biophys Res Commun

2.559

 哈尔滨医科大学附属第二医院
27 CircRNA_100290通过miR-516b诱导的FZD4表达下调和Wnt /β-连环蛋白信号传导促进结肠直肠癌进展 CircRNA_100290 promotes colorectal cancer progression through miR-516b-induced downregulation of FZD4 expression and Wnt/β-catenin signaling Biochem Biophys Res Commun

2.559

 温州医科大学附属第一医院
28 Hsa_circ_0033155：非小细胞肺癌的潜在新型生物标志物。 Hsa_circ_0033155: A potential novel biomarker for non-small cell lung cancer Exp Ther Med

1.41

 上海交通大学附属第六人民医院

 

来源：geneseed