RNA二级结构探测新技术icSHAPE-MaP解析Dicer结合与切割底物的RNA结构基础
然而目前已有的高通量探测RNA二级结构技术捕获的RNA结构信息并不完整。由于现有的技术依赖于逆转录终止位点获得结构信息,因此RNA 3’末端的结构信息发生缺失。为解决这一问题,张强锋课题组开发了基于逆转录突变的探测全长RNA二级结构的技术—icSHAPE-MaP(图1a),可以获得片段较短的RNA(例如pre-miRNA)或者RNA功能元件(通常片段较短)的完整结构信息。该研究工作将icSHAPE-MaP与免疫共沉淀相结合应用于刻画Dicer结合底物的二级结构图谱;优化了miRbase数据库中pre-miRNA的二级结构模型;发现Dicer对于不同结构类型的底物具有结合与切割的偏好性;并使用icSHAPE-MaP得到的结构信息为约束对pre-miRNA进行更符合生理状态的三级结构建模,发现 Dicer选择切割位点的偏好空间距离(图1b)。
该研究工作最近在Nature Communications杂志上在线发表(6月8日),题为:“对RNA结构的探测揭示了Dicer对底物的结合及切割的结构基础”(RNA structure probing reveals the structural basis of Dicer binding and cleavage),原文链接为:https://www.nature.com/articles/s41467-021-23607-w
清华大学结构生物学高精尖创新中心张强锋副教授与美国斯坦福大学医学院Mark A. Kay教授为该文章的共同通讯作者;美国斯坦福大学医学院罗庆军博士后、清华大学生命科学学院张劲松同学、清华大学生命科学学院李盼同学为该文章的共同第一作者。该研究工作获得国家自然科学基金委、科技部重点研发计划、北京市结构生物学高精尖创新中心、北京生物结构前沿研究中心、清华-北大生命联合中心等资助。
2.Shi, B., Zhang, J., Heng, J., Gong, J., Zhang, T., Li, P., Sun, B.F., Yang, Y., Zhang, N., Zhao, Y.L., et al. (2020). RNA structural dynamics regulate early embryogenesis through controlling transcriptome fate and function. Genome Biol 21, 120. 10.1186/s13059-020-02022-2.
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来源:结构生物学高精尖创新中心