近日,福建省莆田市和厦门市相继出现本土新冠肺炎病例肆虐,此次疫情初步判定为由德尔塔变异株(Delta VOC, variant of concern)引起,且已迅速成为目前盛行的优势毒株。国内外卫生系统数据均初步显示Delta VOC传播力强,但国内外尚未充分认识Delta变异株的传播链、病毒动力学和临床特征等。

广州团队首发Delta变异株完整传播链

今年五月底,由Delta变异株引起的新一轮疫情以广州为中心开始爆发。广州医科大学附属市八医院、广州医科大学附属第一医院等针对此次疫情,结合流行病学和病毒基因组测序技术,首次详尽地描绘出Delta变异株的完整传播链,并分析了Delta变异株的病毒动力学特点和临床特征。结果显示:与野生株队列相比,Delta VOC传播更快,潜伏期更短,病毒载量更高及病毒清除时间更长,高龄患者感染Delta VOC更容易展为危重症。

值得关注的是,本研究中用于构建系统发育树的病毒全基因组测序,使用了华大智造的MGISEQ-2000高通量测序仪和ATOPlex SARS-CoV-2全基因组扩增panel

本次研究成果名为“Transmission, viral kinetics and clinical characteristics of the emergent SARS-CoV-2 Delta VOC in Guangzhou, China”,已于9月12日发表在国际权威医学期刊《柳叶刀》(The Lancet)子刊EClinicalMedicine上。

材料与方法

本次研究的研究对象为2021年5月21日至6月18日在广州确诊的159例Delta变异株病例,并与2020 年1月至2月感染新冠野生型SARS-CoV-2的260例病例进行了对比。此外,还收集整理了所有确诊患者的确诊病例接触史及旅居史等流行病学数据。经过流行病学调查和系统发育树分析,该研究揭示了Delta变异株的完整传播链。

高龄患者危重症风险高3倍!华大智造测序平台助力揭示德尔塔变异株完整传播链及临床特征研究-肽度TIMEDOO
(广州医科大学附属市八医院研究团队正在使用华大智造MGISEQ-2000测序平台)

结论

1.传播链——共同用餐和家庭接触的传播比例最高

Delta变异株主要通过直接和间接的近距离接触传播,其中共同用餐占比最高(30.8%),其次分别是家庭接触(29.6%)、社区传播(18.2%),以及包括工作和社交接触在内的其他传播途径(19.87%)。Delta变异株临床特征诸多,入院三天内最常见的症状是咳嗽(65%),其次是发烧(63%)和咳痰(53%)。腹泻 (5%) 和呕吐 (4%) 等胃肠道症状并不常见。

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(广州Delta变异株的流行病学传播网络)
2.潜伏期更短,传播速度快

研究数据表明,Delta变异株的潜伏期明显短于野生株(4.0天vs 6.0天,P < 0.001);在非重症组中,Delta 变异株的潜伏期亦明显短于野生株(4.0天vs 7.0天,p<0.001)。此外,Delta变异株的传播速度快,Delta变异株在短短十天内传播了四代,其中最短的代际传播不超过一天。

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(SARS-CoV-2野生株及Delta变异株感染者的潜伏期)
3.病毒载量高

研究结果显示,比起野生株,Delta变异株具有较高的病毒载量(Ct值中位数20.6 vs 34.0;p < 0.001),在非重症、重症和危重症患者中此趋势一致。Delta变异株感染者核酸转阴时间 (Ct值>40) 也更长。

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(SARS-CoV-2野生株及Delta变异株感染者的病毒载量峰值及动态变化)
4.60岁以上患者危重症风险更高

危重症患者中,感染Delta变异株的所有患者年龄都≥60岁,而在野生株中,这一比例只有69%。其中,感染Delta变异株发展为危重症的风险是感染野生型的2.98倍。可以认为,老年患者感染Delta变异株后更容易发展至危重症。

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(预后因素的 Kaplan-Meier 生存图)

综上所述,本研究揭示了Delta变异株的完整传播链,总结了Delta变异株传染性强、病毒载量高、核酸转阴时间长、患病风险更大等特点。除了本次研究中的病毒测序与分析,华大智造的高通量测序仪MGISEQ-2000和ATOPlex多重PCR平台还参与了多个国内外新冠病毒研究项目。以华大智造为代表的国产测序平台,不仅积极参与国内防疫,也为各国抗疫做出了重要贡献,更向全球展示了中国科研的力量。

基于高校、科研机构及企业的努力,研究新冠病毒及其变异株、揭示其传播特性,为全国乃至全球进一步抗击病毒、防控疫情提供了可靠的理论依据和先进经验,是有效对抗疫情的前提。

来源:基因慧