随着日前一篇由未经评议文章上传到了生命科学领域最大预印本网站 bioRxiv，“新冠病毒并非自然形成”的说法甚嚣尘上，在中外舆论场引发了大量讨论。文章来自印度理工学院德里分校研究团队。

这个时候，我们该选择相信什么？

图丨此次的印度论文（来源：bioRxiv）

印度学者：新冠病毒被插入 HIV 病毒关键氨基酸序列

先来看看这是一篇怎样的文章。

这篇名为“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag（HIV Env/Gag 和 2019-nCoV Spike 蛋白间特异序列插入的异常相似性分析”）的论文指出，这次新冠病毒 S 蛋白的 4 个不连续位点被插入了 HIV 病毒的氨基酸序列。

S 蛋白（spike protein， 棘突蛋白）是帮助冠状病毒与宿主受体ACE2结合的关键存在，这些蛋白质的变化可以反映为病毒宿主特异性的变化。确定 S 蛋白的具体区域对新型冠状病毒疫苗的研发非常重要。

由于新冠病毒的 S 蛋白与 SARS GZ02 具有最相似的血统，团队因此使用 MultiAlin 软件比较了这两种病毒的 S 蛋白编码序列，发现了四个新插入片段：“GTNGTKR”（IS1），“HKNNKS”（IS2），“GDSSSG”（IS3）和“QTNSPRRA”（IS4）。

然后，团队使用 pBLAST 序列比对工具，检索了美国国立生物技术信息中心（NCBI）的病毒基因组数据库，从已知的病毒基因组中鉴定出与新冠病毒这些短序列相似的存在。该数据库包含超过 300 万个病毒基因组序列。

图丨 NCBI 的病毒基因组数据库（来源：NCBI）

结果显示，所有这四个插入片段与某个 HIV 病毒变体匹配。相似序列来自 HIV 病毒中的 gp120 和 Gag 蛋白，前者也是病毒包膜识别蛋白。

这篇未经评议的文章中提到几个关键点分别在于，这四个片段发挥识别动物细胞的功能，未在冠状病毒科的其他种类中观察到，反而都映射到 HIV 病毒氨基酸的短片段，“不大可能会自然发生”。

研究人员在这篇文章中指出，在新冠病毒 S 蛋白的立体结构上，这 4 个插入位点恰好与动物细胞膜上的病毒受体相互结合，也就是说，这 4 个插入位点的存在可让病毒更好地入侵动物细胞，使其具备和 HIV 病毒类似的感染能力，而其毒性则仍由冠状病毒所决定。

图丨新冠病毒的模拟蛋白（来源：bioRxiv）

文章写道：“令我们诧异的是，这片段不存在于 SARS 的 S 蛋白中，而且在冠状病毒科的其他种类中也未观察到。这令人震惊，因为病毒不太可能在短时间内偶然地获得这种独特的插入片段……

“有趣的是，尽管这些插入片段在一级氨基酸序列上表现为非连续，但 3D 建模表明，它们会聚在一起构成新冠病毒的受体结合位点……

“最新 28 种临床分离株的基因组序列显示，这些插入部分存在于所有分离株中。也就是说，新冠病毒已经获得这些插入片段，为其提供了额外的生存和感染优势。”

尽管没有明确声明，但不难看出，这篇未经评议论文在暗示，新冠病毒可能是人工干预的结果。

截至目前，这是我们看到将新冠病毒与 HIV 病毒相关联的唯一此类主要论文。

哈佛大学刘如谦：这项研究不靠谱

新冠病毒疫情正在全球蔓延，在这个时间点上发表这样充满阴谋论色彩的言论，再加上近日发现对新冠病毒起作用的药物包括抗艾滋病药物，文章迅速引来了大量关注。不少行业内的研究者纷纷发表看法。

对于这一耸人听闻的研究结果，哈佛大学科学家、CRISPR 基因大牛刘如谦（David Liu）教授在推特称这一研究结果不靠谱，纯属阴谋论。

图丨刘如谦评论（来源：推特）

刘如谦写道：“仅凭借短插入片段就声称新冠病毒起源‘不太可能是自然界偶然发生’已经让人高度怀疑，这是弄丢钥匙却只在路灯下寻找的经典做派。这个世界已经足够可怕，我们不需要错误的分析来激起阴谋论。”

图丨 ARI ALLYN-FEUER 批判文章（来源：theprepared.com ）

一位名为 ARI ALLYN-FEUER 的美国生物信息学博士、任职某大型制药公司首席科学家则发表了更为详细的文章，从三个方面驳斥了“新冠病毒是用人工手段由 HIV 病毒改造而来”的说法：

首先，印度文章中关于新冠病毒的序列与其最接近已知近亲序列有所不同，这一点并没有什么特别的。

其次，与 HIV 病毒的序列匹配的片段非常短，且都出现在两种病毒的高可变区中。新冠病毒和其他的病毒也已经发现了相似的重叠片段。

最后，从理论上讲，HIV 病毒可以赋予其他病毒艾滋病毒特性的片段没有出现在新冠病毒中。并且新冠病毒也没有已知冠状病毒所没有的独特临床特性。

“换句话说，序列重叠实际上并没有什么稀奇的，这并不是什么重大独家新闻。这个印度小组陷入了生物信息学研究误区”。至此，他认为印度研究者的工作得出的结论有误导公众之嫌，最核心的论点是“新冠病毒与 HIV 病毒重叠的序列特别短，完全不能体现 HIV 的特性。”

与此同时，在超过 300 万个病毒基因组序列中寻找相似的片段，是一件非常容易的事情。印度文章发表后的数小时内，便有其他科学家指出，用 pBLAST 检索 4 个序列，发现很多其他种类的病毒、甚至是细菌、原生动物、真菌、果蝇、植物当中，也存在相似情况，“不明白为何印度这支团队第一时间想到的是 HIV 病毒”。在国内，知乎网站上也有关于这篇文章的热门讨论，驳斥印度文章的论据也主要集中在上述的几个方面中。

图丨 pBLAST 检索情况（来源：pBLAST）

随着驳斥印度文章的大量专业声音涌现，论文的研究团队今日宣布，将从预印本网站中撤回并发布修改版本。

图丨印度团队回应声明（来源：bioRxiv）

早在 1 月 29 日，这篇印度学者文章就引起了美国流行病学家和公共卫生科学家 Eric Feigl-Ding 的高度关注。他还专门在推特上针对该论文展开持续的讨论，他给出的 5 点结论是：

1. 武汉华南海鲜市场不是病毒最初来源；

2. 新冠病毒突变快；

3. 新冠病毒具有任何冠状病毒中从未见过的异常片段；

4. 新冠病毒与艾滋病毒的“混合”不是最近发生的；

5. 异常片段负责进入宿主细胞的蛋白质。

虽然这些结论同样具有高度指向性，但 Eric Feigl-Ding 仍在推特中声明：“我绝对不是在说生物工程，也不是在支持任何没有证据的阴谋论。我只是说科学家需要做更多的研究并获取更多的数据，病毒溯源将是研究优先重点。”

由此，这篇富有争议的文章也为我们留下了一个更广阔的重要问题：

对于那些正处于快速变化阶段、当下全球公众迫切关心的事件，未经同行评议的相关科研成果是否还被允许照常公开发表？

这是个难题。

来源：麻省理工科技评论