近年来，单细胞和空间组学数据的出现彻底改变了生物医学研究，为科学家提供了前所未有的细节观察视角。然而，不同分析软件往往得出不一致的结果，给数据解释带来巨大挑战。
针对这一问题，意大利特伦托大学的科研团队联合美国耶鲁大学、挪威特隆赫姆大学、米兰综合医院及国家研究委员会生物物理研究所等机构，开发出一款名为“Cell Marker Accordion”的生物信息学工具。相关成果已发表在国际知名期刊《Nature Communications》上。
“Cell Marker Accordion不仅能够帮助研究人员更准确地鉴定细胞类型，还能让他们明白分类背后的原因，”该项目第一作者、特伦托大学生物分子科学博士生Emma Busarello表示，“很多软件只给出结果，却没有解释依据，我们希望打造一个更加透明、实用的工具，尤其适用于临床研究场景。”
该工具名称中的“Accordion”（手风琴）寓意整合多源数据，达到协调统一的效果。它可应用于正常及病理状态下的生物样本细胞鉴定，如识别白血病干细胞或肿瘤浆细胞，并能够提示相关基因的参与情况。
“我们不仅告诉你细胞类型，还帮助你找出赋予该细胞独特性的基因，这对发现新的生物标志物或治疗靶点至关重要，”特伦托大学细胞计算与整合生物学系教授、通讯作者Toma Tebaldi说道。
值得一提的是，该软件兼具专业性与易用性。除了面向有编程背景的科研人员的软件包外，团队还推出了拥有直观界面的网页版，方便非程序员也能轻松操作。
项目由特伦托大学Cibio系牵头，汇聚了脑肿瘤和血液肿瘤领域的多支专业团队，合作方包括米兰综合医院的Giulia Biancon、特隆赫姆大学及耶鲁医学院的Stephanie Halene等。
未来，团队计划不断更新和扩展该工具，适配更多新型数据类型，确保科研界始终拥有可靠的细胞鉴定利器。
“科学软件的生命力远不止发表论文，我们会持续维护和改进它，让其随着科学进展变得更加实用，”Tebaldi教授总结道，“这同样是对科研的贡献和服务。”
参考文献：Emma Busarello et al, Cell Marker Accordion: interpretable single-cell and spatial omics annotation in health and disease, Nature Communications (2025). DOI: 10.1038/s41467-025-60900-4
编辑：周敏
排版：李丽
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